מרפא היתה תכנית אקדמית ייחודית בישראל ובעולם, ללימודי ליווי רוחני בשילוב עם מדעי היהדות, שהתקיימה במכון שכטר בין השנים תשע"ב- תשפ"ו. התכנית התבססה על כלים ותובנות רוחניים ממורשת ישראל והעניקה הכשרה לסיוע ליחידים ולמשפחות המתמודדים עם מצוקות שונות.  בין ה"כלים" והתכנים מתחום "הרוח" במורשת היהודית שנלמדו בתכנית נמנו: הערכה רוחנית ובניית תכנית לווי רוחני, אתיקה מקצועית, ליווי רוחני במצבים של מורכבות אתית, לימוד בחברותא, שיחה על משמעות רוחנית,  תפילה אישית, עבודה קבוצתית, התנסויות בטכניקות אומנותיות וכן הדרכות אישיות וקבוצתיות בהן הטמיעו הלומדים את התובנות מן השעורים ומן העבודה המעשית.  בנוסף, במהלך השנה ובמהלך חופשות הסמסטר והקיץ התווספו הרצאות אורח ל 3 ימי עיון בשנה.

תחומי הידע במדעי היהדות שנלמדו, לצד נושאי היסוד בתחום הליווי הרוחני, בקורסים במקרא, מדרש, הלכה, מחשבת ישראל ספרות עברית, לימוד ותרגול של תיאטרון יהודי וישראלי – הוו את התשתית העיונית ללווי הרוחני בתכנית/מסלול מרפא.  ההתנסות הקלינית התרחשה במסגרות מגוונות, תוך שימת דגש על מרחבים קהילתיים, משפחתיים, חינוכיים וטיפוליים (עבור מטפלים בתחומים שונים שלמדו במרפא כהשתלמות) במוסדות בריאות, חינוך, דת, ורווחה.

לומדי התכנית לתעודה או השתלמות בליווי רוחני אף שילבו בשלשת השנים האחרונות (תשפ"ג- תשפ"ה) את הלימודים במסלול אקדמי ייחודי במדעי היהדות שהתקיים רק במכון שכטר: "מרפא: ליווי רוחני."

סטודנטים לתואר שני בלבד במסלול "מרפא: לווי רוחני" מחוייבים ב-20 הדרכות (5 שעות הדרכה לסמסטר לשנתיים), וסטודנטים הלומדים לימודי תעודה בליווי רוחני מחוייבים ב-30 שעות הדרכה (5 שעות הדרכה לסמסטר לשלש שנים).  המעוניינים בתעודת מלווה רוחני/ת אקדמי/ת משלימים 300 שעות פרקטיקום מדווחות ומודרכות, והמעוניינים גם בעמידה בפני ועדת הסמכה רב- מקצועית ובקבלת הסמכה בליווי רוחני ממרפא – מכון שכטר משלימים 400 שעות פרקטיקום מדווחות ומודרכות.

בשנת תשפ"ו לא יתקבלו תלמידים חדשים למרפא בשל סגירת התכנית. הלומדים במרפא ישלימו את הקורסים הבאים על פי דרישות החובות לקבלת התעודה/התעודות בה יחפצו.

להלן פרטי תכנית הלימודים על פי המתווה של מסלול מרפא: ליווי רוחני (תשפ"ג- תשפ"ו).